オーヤマ研究所
オーヤマ研究所は、はじまりの島にある施設。ポケモンカードGBとポケモンカードGB2 GR団参上!に登場し、ゲーム開始時に主人公が向かう場所である。
ポケモンカードGB
ゲーム開始時、主人公はオーヤマ研究所に向かい、Dr.オーヤマからデッキとカード30枚をもらう。もらうデッキはヒトカゲとともだちデッキ、ゼニガメとともだちデッキ、フシギダネとともだちデッキから選べる。その後、チュートリアルとして研究員のミカサと練習対戦を行う。
チュートリアル以降はミカサとの対戦に勝利すると拡張パック（中身は基本エネルギー10枚）がもらえる。右側の部屋ではあらいモンと対戦でき（あらいモンが使用するデッキはカミナリ&ほのおのデッキ、みず&かくとうデッキ、くさ&ちょうデッキから選べる）、勝利すると同じく基本エネルギー10枚が入ってる拡張パックをもらえる。
デッキに入っていないエネルギーカードが10枚未満の場合、右上の研究員から基本エネルギー60枚（1タイプ10枚ずつ）をもらえる。
右側の部屋ではデッキきろくマシン1台とオートデッキマシン9台が設置されているが、うちオートデッキマシン8台は最初から使用できず、対応するマスターメダルを入手することで利用できるようになる。
エンディング後はチャレンジマシンが設置される。
ポケモンカードGB2 GR団参上!
ゲーム開始時、カードを奪われた主人公はオーヤマ研究所に向かい、Dr.オーヤマからGR団を倒すことを依頼され、さいしょのデッキをもらう。
ポケモンカードGBと同じく、ミカサとの対戦で基本エネルギー10枚が入ってる拡張パックをもらえる。右側の部屋にあるオートデッキマシンは1台に集約された。新設された左側の部屋ではあらいモンと（固定デッキを使用した）トレーニングを行うことができ、カミヤに勝利した後はあらいモンとの通常対戦もできる。
エンディング後はチャレンジマシンが設置される。
各言語版での名称
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