| ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊・闇の探検隊・空の探検隊のダンジョン
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| 通常：かいがんのどうくつ - しめったいわば - トゲトゲやま - たきつぼのどうくつ - リンゴのもり - えんがんのいわば - ちいさなよこあな - ツノやま - いわのよこあな - のうむのもり - もりのよこみち - ねっすいのどうくつ - エレキへいげん - きたのさばく - りゅうさのどうくつ - すいしょうのどうくつ - だいすいしょうのみち - くうかんのどうくつ - くらやみのおか - ふういんのいわば - くろのもり*2 - もりのたかだい - キザキのもり - いそのどうくつ - まぼろしのだいち - じげんのとう*2 - しんぴのもり - ふぶきのしま - クレバスのどうくつ - とざされたうみ - きせきのうみ - ばんにんのどうくつ - しゅぎょうのやま (探検隊) - あくむのなか - そらのさけめ - やみのかこう - かくされたいせき - うみのリゾート - しずかなかわ - コロコロどうくつ - みどりのそうげん - ちいさなはらっぱ - オレンのもり - はてのみずうみ - しあわせみさき - かがやきのおか - かぜのれいほう - みかいのこうや - あんやのもり - ゼロのしま ( ほくぶ - とうぶ - せいぶ - なんぶ - ちゅうおうぶ*1 ) - うんめいのとう*1 - ぼうきゃくのもり*1 - まのかいいき*1 - なんとうしょとう*1 - れっかのどうくつ*1 - ほしのどうくつ*1*2 - シェイミのさと*1 - そらのいただき*1 - ガラガラどうじょう - さいごのま
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| 配布：かげろうのさばく - きょだいかざん - なだれやま - そこなしうみ - ミステリージャングル - せかいのおおあな - てんくうのかいだん - めいきゅうのどうくつ
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| スペシャルエピソード：ほしのどうくつ - アンコクのもり - ひがしのほらあな - ざいほうのいわば - げんせんのどうくつ - みなみのジャングル - きょだいがんせきぐん - ひだりがわのほらあな - みぎがわのほらあな - だいしょうにゅうどう - こかつのたに - くらがりのこうや - じげんのとう - くろのもり - くうかんのがんぺき - くらやみのひょうざん - ひょうちゅうのもり - だいひょうざん
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| その他：ひみつのたき - おんせん - ベースキャンプ (探検隊) - ひかりのいずみ
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| 体験版：ちょこっとへいげん - クリアざん - チャレンジリバー - てんしゅのかくれざと - おためしのもり - いざないのうみ
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| *1は空の探検隊のみ *2はスペシャルエピソードにも登場
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